Your comments

Задачу добавили. Но в ближайшее время сделать не получится, так как уже в работе несколько крупных задач.
Сообщите, пожалуйста, название вашего проекта и ключевые слова по которым учитывается Яндекс-директ, мы их обязательно проверим и исправим алгоритмы парсинга если обнаружим ошибки. Обращаем ваше внимание, что для корректной проверки нужно очистить все кэши и кукис браузера, выставить гео-настройки и только после этого выполнять поиск. Также имейте в виду, что выдача Яндекса может поменяться несколько раз в течении одной минуты. Возможно, что при сравнении результатов вы как раз попали на такое обновление.

На всякий случай мы еще раз проверили все алгоритмы, провели тесты и убедились, что все нормально работает. В текущей реализации учитываются только ссылки универсальной выдачи, все остальные ссылки на Яндекс-директ, видео, картинки и т.д. игнорируются.
Чтобы выполнить разовую проверку сразу во всех поисковиках, нужно выбрать опцию "Все поисковые системы" в диалоге разовой проверки:

Не совсем понятно для чего необходима такая возможность. Ведь если позиции ключевиков начнут падать, то и видимость начнет понижаться. Это будет сразу заметно на графике. Если рассчитывать видимость только по словам из топ10, то ее значение всегда будет в пределах 90%-100%.

Чтобы изменение позиций важных слов более сильно отражалось на значении видимости, можно установить максимальный вес для таких слов, а для второстепенных слов установить минимальный вес.
Спасибо! Подумаем как это лучше реализовать. Однако вы уже сейчас можете наблюдать за изменением данного показателя в Google WebMaster Tools. Интеграции с GWT у нас пока нет.
Уточните, пожалуйста, в каком именно отчете необходима информация о приросте страниц в индексе. На данный момент в Excel отчетах присутствуют цифры изменения позиций по каждому слову, а в недельных отчетах указывается изменение видимости сайта по поисковым системам. Поясните, пожалуйста, что конкретно вы понимаете под цифрами прироста страниц в индексе.
Проверили разовую проверку - все нормально работает. Пожалуйста, попробуйте запустить разовую проверку еще раз. Если возникнут проблемы, сообщите, пожалуйста, название проекта.
Почту проверили, ответ отправили.
Здравствуйте, Елена!

Вы можете задавать целевую страницу для группы ключевых слов. В этом случае в разделе "Позиции" вы будете видеть статус целевой страницы по каждому ключевому слову. Это позволит определить, находится ли указанная целевая страница выше всех остальных страниц, попавших в выдачу. Чтобы посмотреть все видимые страницы сайта и их позиции по конкретному слову, вы можете перейти на выбранное слово и включить фильтр "Страницы".
Спасибо за замечание. Проблема понятна. Добавили ее в список наших задач, постараемся решить в ближайшее время.